Hat év telt el a Szövetség ellen vívott háború lezárása óta... és mégis, a Carrow bolygón, a Közös Megszállási Zóna szélén fekvő világon hirtelen egy új, döntő jelentőségű csata robban ki. Az emberi telepesek és az idegen sangheilik már eddig is csak komoly feszültségek közepette éltek együtt ezen a kolónián, s most ide érkezik az Egyesített Földi Kormány követe, Melody Azikiwe, aki megpróbál egy tartós békeszerződést tető alá hozni a két faj között. Mivel azonban a sangheili faj különféle csoportjai polgárháborúba keverednek egymással, ezért Melodynak lehetősége nyílik végrehajtani a Haditengerészeti Hírszerzési Hivatal különleges küldetését: kiszabadítani a Szürke Osztag néven ismert SPARTAN-II-eseket, akiket a háború vége óta sztáziskapszulákban fogságban tart egy bosszúvágytól fűtött, ravasz elit flottaparancsnok.
Arra azonban senki sem számít, hogy a folyamatosan eszkalálódó helyzet egy még nagyobb, megállíthatatlan fenyegetés felfedezéséhez vezet - egy olyanhoz veszedelem felbukkanásához, amely már évezredek óta rejtőzik a bolygó felszíne alatt...